甜菜在各生态区发生的主要病害种类有：褐斑病（..>Sacc.）、根腐病（.）、丛根病（，BNYVV）、黄化毒病（.betae.即Beta.）及白粉病（.）。
1.甜菜褐斑病
在东北地区发病最重，华北区次之，西北区轻。这是一种真菌病害，病原菌存在不同的生理小种，全球性普遍发生，据研究，主要来自意大利。病情指数低于20%（高抗）或30%（抗）的抗褐斑病种质材料主要在东北地区及一些引进品种，共约280份，如P（波兰）、CLR（波兰）、、101/5-12及甜425-2、甜427、甜443等。
2.根腐病
主要发生在东北地区，是一种土壤真菌病害，有多种土壤真菌可导致根部发病，严重的全株腐烂。较抗根腐病的种质材料（病情指数≤5.0）的有T8141、、甜443、甜416、等。
3.丛根病
自20世纪80年代以来，在我国宁夏及内蒙古西部地区首先发现，传染性强，以后迅速蔓延至全国甜菜产区，主要发生在内蒙古及东北地区。丛根病发病区的甜菜根产量及含糖品质都受到严重影响，在中等病情地块[52石斛网www.52shihu.com]，降低产量30%～60%，含糖下降2%～3%糖度。这是一种经由土壤真菌多黏菌（.betae）传播的病毒病害，其病原是甜菜叶脉黄化病毒（简称BNYVV），目前尚无有效防治方法，主要依靠育种手段改良种质。内蒙古农业大学等科研单位已选育出一些耐丛根病较强的品种及系号，并开始在生产中示范推广如内甜抗201、改良协作2号等。这类种质材料在不发生丛根病的地区，块根产量及含糖率低于当地推广品种，但是在发病地区，与推广种比较，它的根产量可增加40%～80%，含糖增加2%～4%（糖度）。
4.黄化毒病
在华北地区发病最重，西北地区发病较轻，东北地区基本不发病。主要由桃蚜或豆蚜传播病毒。主要的抗病材料来自内蒙古及新疆的一些育种单位。全国约有高抗黄化毒病的甜菜种质材料60份（病情指数≤5.9），如、8-67、石甜4-6、Z-8、等。
5.白粉病
是一种真菌病害，发病地区主要在新疆、甘肃及内蒙古西部等地，东北地区基本不发病。目前已筛选出的抗白粉病种质材料约10余份（病情指数≤20.0），如石甜4-1、新甜2号、8-67等。