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我国各地都有腐乳的生产，它们虽然由于大小不一，配料不同，品种名称繁多，但制作原理大都相同。首先将大豆制成豆腐，然后压坯划成小块，摆在木盒中即可接上蛋白酶活力很强的根霉或毛霉菌的菌种，接着便进入发酵和腌坯期。最后根据不同品种的要求加以红曲酶、酵母菌、米曲霉等进行密封贮藏。腐乳的独特风味就是在发酵贮藏过程中所形成。在这期间微生物分泌出各种酶，促使豆腐坯中的蛋白质分解成营养价值高的氨基酸和一些风味物质。有些氨基酸本身就有一定的鲜味，腐乳在发酵过程中也促使豆腐坯中的淀粉转化成酒精和有机酸，同时还有辅料中的酒及香料也参与作用，共同生成了带有香味的酯类及其他一些风味成分，从而构成了腐乳所特有的风味。腐乳在制作过程中发酵，蛋白酶和附着在菌皮上的细菌慢慢地渗入到豆腐坯的内部，逐渐将蛋白质分解，大约经过三个月至半年的时间，松酥细腻的腐乳就做好了，滋味也变得质地细腻、鲜美适口。
红曲米是我国传统使用的天然色素之一，主要用于制作红腐乳和红香肠。
红曲米，其实红曲就是曲霉科真菌———紫色红曲霉，又称红曲霉，接种寄生于粳米上经制作后的一种呈现红色的米，并非特指的红米（井冈山有产红米）。所以说，这里米仅仅是载体。红曲米的生产工艺包括浸米、蒸饭、晾饭、接种、推曲、搓曲、上铺、喷水拌曲、出曲晒干等工序。一般从米饭培养至出曲，大约需4天左右，红曲米米粒外表便全部呈紫红色，经晾干或烘干即成。而在成品红曲米中，仍有一部分色菌在继续发酵，最终使红曲米中残存的白心红透，所以民间有陈年红曲米比新货好的说法。红曲米外皮呈紫红色，内心红色，微有酸味，味淡，它对蛋白质有很强的着色力，因此常常作为食品染色色素。红曲米与化学合成红色素相比，具有无毒、安全的优点，而且还有健脾消食、活血化瘀的功效。在烹饪中，红曲米的应用较为广泛，可用于烧菜染色，如江苏名菜樱桃肉、无锡排骨的制作；又可用于烧腊、酱卤食品，如广东叉烧和某些卤水的制作；还可用于红肠一类的灌肠上色，以及配制糖醋、西汁等复合味时调色。此外，粥饭、面食、腐乳、糕点、糖果、蜜饯等在制作中也经常用到红曲米。红曲所生长的微生物属于红曲霉菌，其种类很多。其生长特点是耐酸。从古代起，人们就掌握了这一规律，在接种时及培养过程中，加入醋酸或明矾水调节酸度。红曲培养的好坏与否[52石斛网www.52shihu.com]，还与温度有关，故在培养过程中，堆积或摊开就是一种调节温度的方法（这和其它制曲时的方法相同）。培养过程中，湿度和水分含量更是非常关键的。水分太高或太低均不利，调节水分或湿度的方法有多种，如喷水，或短时间的浸曲。红曲的培养过程是一个非常有趣的过程。开始时还是雪白的米饭培养数天后，米饭粒上开始出现红色的斑点，随着培养时间的延续，米饭上的红斑点逐渐扩大，一般在7天左右，全部变红，如果继续培养，颜色会变成紫红色。现在市场上已有制作好的红曲米购买，在购买的时候要注意辨别真的红曲米和掺了色素的假红曲米。
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