一、定义不同
雨花石是由石英、玉髓和燧石或蛋白石混合形成的珍贵宝石，也称文石，观赏石，幸运石，主要产于南京市六合区及仪征市月塘镇一带，是南京、仪征著名的特产。
玛瑙也作码瑙、马瑙、马脑等，是玉髓类矿物的一种，经常是混有蛋白石和隐晶质石英的纹带状块体，硬度6.5-7度，比重2.65，色彩相当有层次。有半透明或不透明的。
原形态三方晶系。常呈致密块状而形成各种构造，如乳房状、葡萄状、结核状等，常见的为同心圆构造。具有不同颜色构成的玉髓，通常有，绿、红、黄、褐，白等多种颜色。
按图案和杂质可分为缟玛瑙、缠丝玛瑙、苔玛瑙、城堡玛瑙等。常用作玩物、观赏物、饰物或玩赏物。古代陪葬物中常可见到成串的玛瑙球。
二、名字来历不同
雨花石是据传说在一千四百年之前的梁代，有位云光法师在南京南郊讲经说法，感动了上天，落花如雨，花雨落地为石，故称雨花石。讲经处遂更名雨花台。成语“天花乱坠”正由此传说而来。
玛瑙是古代蒙古人看到玛瑙的颜色和美丽的花纹很像马的脑子，就以为它是由马脑变成的石头，所以梵语称它为“马脑”。
“玛瑙”早期被书写成“马脑”，最早见于后汉安世高所译的《阿那邠邸七子经》一书。南北朝时鸠摩罗什译《妙法莲华经》称：“马脑，梵云遏湿摩揭婆”、“色如马脑，故从彼名”。
唐代高僧慧琳著《一切经音义》解释称：“‘阿湿缚’()者，此云‘马’也，‘揭波’者()，脑也。”
还有说法称，三国时期曹丕同父亲曹操北征乌桓，当地的人进贡玛瑙酒杯一只，曹丕见酒杯红似飞霞，晶莹剔透，便挥笔写下《马脑勒赋》，并在序中说：“马脑，玉属也，出西域，文理交错，有似马脑，故其方人固以名之。或以系颈，或以饰勒。余有斯勒，美而赋之。命陈琳、王粲并作。”
有学者分析认为：说玛瑙出自西域，是因为当时我国所开采者数量有限，大多来自西域、印度、波斯、日本等国的贡品，这些贡品常常是人们认识这种宝贝的重要途径。自佛经传入中国后，翻译人员考虑到“马脑属玉石类”，于是巧妙地译成“玛瑙”。
由于佛教传入中国[52石斛网www.52shihu.com]，对中华文化产生深远影响，“琼”和“赤玉”等名字也逐渐被“玛瑙”所替代。
三、保养方法不同
雨花石保养方法
南京雨花石虽然精美绝伦，质地坚稳，不易风化和氧化，但是对于一个长期埋藏于地下的物品突然重见天日，如果保养不好，灰尘杂质的入侵，还是会对雨花石造成永久的损害。
常规方法：放到有水的盆里、碗里、桶里，置于家中角落、床下、某处。小盒子存放后，放在有锁的地方。
真空保管：装在玉石专用袋子里，存水挤出空气后密封保管。
玛瑙保养方法
首先，要注意不要碰撞硬物或是掉落，不使用时应收藏在质地柔软的饰品盒内。要尽量避免与香水、化学剂液、肥皂或是人体汗水接触，以防受到侵蚀，影响玛瑙的鲜艳度。
其次，要注意避开热源，如阳光、炉灶等，因为玛瑙遇热会膨胀，分子间隙增大影响玉质，持续接触高温，还会导致玛瑙发生爆裂。
玛瑙平时摆放尽量避开阳光，经常擦拭保持清洁，有条件的话偶尔用纯净水泡一下可以补充水分，保持湿度玛瑙会更漂亮。
小件饰品不佩戴时最好是放在阴暗潮湿处，接近玛瑙原生态的储存环境最好，尤其是水胆玛瑙在形成时期里面就存有天然水，如果当前周围环境很干燥，就会引起里面天然水分的蒸发，从而失去其收藏的艺术和经济价值。