白果其毒性成分为白果酚。外种皮含有毒成分白果酸、氢化白果酸、氢化白果亚酸、白果酚和白果醇。尚含天门冬素、甲酸、丙酸、丁酸、辛酸、廿九烷醇-10等。过食白果可致中毒，出现腹痛、吐泻、发热、发绀以及昏迷、抽搐，严重者可呼吸麻痹而死亡。
吃白果的不良反应：银杏毒性成分为银杏毒及白果中性素（白果酸、白果醇及白果酚等）。银杏毒有溶血作用，服用量过大，易中毒，生品毒性更大，而以绿色胚芽最毒。白果的毒性成分能溶于水，加热可被破坏，故本品熟用毒性小，若做为食品，应去种皮、胚芽，浸泡半天以上，煮熟透后才可食用。一般中毒症状为恶心呕吐，腹痛腹泻，发热，烦躁不安，惊厥，精神萎顿，呼吸困难，紫绀，昏迷，瞳孔对光反应迟钝或消失。
白果中毒，古代即有记载，近年来亦屡有报告。大多发生在入秋白果成熟季节，因炒食或煮食过量所致。以10岁以下小儿为多，成人偶亦有之。中毒者服食量小儿自7粒至150粒，成人自40粒至300粒不等。中毒出现的时间在食后1～12小时不等。症状以中枢神经系统为主，表现为呕吐，昏迷，嗜睡，恐惧，惊厥，或神志呆钝，体温升高，呼吸困难，面色青紫[52石斛网www.52shihu.com]，瞳孔缩小或散大，对光反应迟钝，及腹痛、腹泻等，白细胞总数及嗜中性粒细胞升高。少数病例并有末梢神经功能障碍表现，呈两下肢完全性弛缓性瘫痪或轻瘫，触痛觉均消失。多数患者，经救治可获恢复，但也有少数因中毒重或抢救过迟而死亡。一般认为引起中毒及中毒的轻重，与年龄大小、体质强弱及服食景的多少有密切关系。年龄愈小中毒可能性愈大，中毒程度也愈重；服食量愈多，体质愈弱，则死亡率也愈高。