（1）农业防治。结合耕地，挖除在土中的空心莲子草根茎，晒干或烧毁。
（2）物理防治。空心莲子草发生较少时，手工拔除或人工打捞。空心莲子草发生严重时，机械割除或机械打捞。
（3）化学防治。整形素、水花生净、农达、使它隆、草甘膦等除草剂都能有效防除空心莲子草。根据空心莲子草发生地、发生量来选择不同的除草剂。
①每亩*亩为非法定计量单位，1亩＝1/15公顷用600～1400毫升的使草合剂（20%使它隆和10%草甘膦按1∶15混合），兑水30～50千克，均匀喷雾。
②每亩用1毫升10%整形素乳油加100～200毫升41%的农达水剂，兑水30～35千克，均匀喷雾。
③在空心莲子草生长最盛期，每亩用30毫升16%的水花生净，兑水30千克，均匀喷雾[52石斛网www.52shihu.com]，一周后茎叶枯死，连用2次可除净空心莲子草，对于蔬菜、花生、棉花等双子叶作物，药害较重，不能使用。
④每亩用32克40%的威霸可湿性粉剂兑水40千克，另加约5克左右洗衣粉搅匀，进行茎叶处理，使用2次可以灭净空心莲子草。
⑤每亩用400毫升41%的农达水剂兑水50千克，在空心莲子草现蕾期至初花期施用，可很好控制果园、夏玉米田中的空心莲子草。
（4）生物防治。释放从美国引进的莲草直胸跳甲，取食水中生长的空心莲子草，可控制其危害与蔓延。