在扇贝中有两种类型的肉，一种是扇贝的内敛肌，呈白色，很有肉感，另一种则是分布在内敛肌周围的肉，红色且很柔软。通常，扇贝中的肉只取内敛肌作为食材，而周围红色的肉则被丢弃。
在食用扇贝时最好只吃扇贝中呈圆形的贝柱部分，一定不要吃内脏。扇贝本身是安全的水产品，扇贝是滤食性生物，靠吸收海水中的藻类和微生物生长，若其生长环境污染或有毒藻类暴发，其内脏就会摄入这些物质。海产贝类含有毒素或重金属一般与“赤潮”和“海水受污染”有关。
新版食品安全国家标准《食品中污染物限量》增加了双壳类等水产品的镉限量标准，要求除去内脏检测，限量值为2。0mg／kg。特别提醒，贝类中的泥肠不宜食用，大家一定要注意了。
在选用扇贝时，一定要注意，新鲜贝肉色泽正常且有光泽[52石斛网www.52shihu.com]，无异味，手摸有爽滑感，弹性好；不新鲜贝肉色泽减退或无光泽，有酸味，手感发粘，弹性差。如果对海鲜过敏，最好不要吃扇贝。
扇贝可以食用的部位是开启贝壳的壳内肌和生殖腺，大大的壳内肌为白色，味道鲜美可口。生殖腺部位的肉稍微呈片状，每当春末生殖腺成熟的时候，雌性扇贝的生殖腺变为漂亮的红色，而雄性扇贝的生殖腺则变成乳白色。
冷冻的扇贝必须要在解冻之前烹制，冷冻扇贝肉紧实、湿润、有光泽，扇贝的烹制时间不宜过长（通常3~4分钟），否则就会变硬、变干并且失去鲜味。将扇贝解冻时，可以把它们放入煮沸的牛奶（已从炉子上拿开）中，或者放入冰箱冷藏室内解冻。