杀菌剂的作用方式有两种：一是保护性杀菌剂，二是内吸性杀菌剂。
保护性杀菌剂在植物体外或体表直接与病原菌接触，杀死或抑制病原菌，使之无法进入植物，从而保护植物免受病原菌的危害。此类杀菌剂称为保护性杀菌剂，其作用有两个方面：一是药剂喷洒后与病原菌接触直接杀死病原菌，即“接触性杀菌作用”；二是把药剂喷洒在植物体表面上，当病原菌落在植物体上接触到药剂而被毒杀，称为“残效性杀菌作用”。
保护性杀菌剂主要有以下几类：硫及无机硫化合物，如硫磺悬浮剂，固体石硫合剂等；铜制剂，主要有波尔多液，铜氨合剂等；有机硫化合物，如福美双、代森锌、代森铵、代森锰锌等；酞酰亚铵类，如克菌丹、敌菌丹和灭菌丹等；抗生素类，如井冈霉素、灭瘟素、多氧霉素等；其它类，如叶枯灵、叶枯净、百菌清、禾穗宁等。
内吸性杀菌剂施用于作物体的某一部位后能被作物吸收，并在体内运输到作物体的其他部位发生作用，具有这种性能的杀菌剂称为“内吸性杀菌剂”。内吸性杀虫剂有两种传导方式：一是向顶性传导，即药剂被吸收到植物体内以后随蒸腾流向植物顶部传导至顶叶、顶芽及叶类、叶缘。目前的内吸性杀菌剂多属此类。另一种是向基性传导，即药剂被植物体吸收后于韧皮部内沿光合作用产物的运输向下传导。
内吸性杀菌剂主要有以下几类：苯并咪唑类，如苯菌灵、多菌灵、噻菌灵、硫菌灵与甲基硫菌灵等；二甲酰亚胺类，如异菌脲、乙烯菌核利等；有机磷类，如稻瘟净、异稻瘟净、三乙膦酸铝等；苯基酰胺类，如甲霜灵等；甾醇生物合成抑制剂类，此类杀菌剂包括十三吗啉、嗪氨灵、丁赛特、甲菌啶和乙菌啶、抑霉唑和咪酰胺、三唑醇和三唑酮等，从化学结构上看，他们分别属于吗啉、吡啉、吡啶、嘧啶、咪唑、2，4-三唑类化合物。甾醇合成抑制剂类杀菌剂兼具保护作用和治疗作用，杀菌谱较广。
杀菌剂防治植物病害的原理：简单地说，杀菌剂是对病原微生物具有毒杀作用的化合物。但“杀菌”一词涵义并不仅限于“杀死”病原微生物生长或孢子萌发两层含意。能够把病原微生物杀死的杀菌剂起杀菌作用，能抑制病原物孢子萌发或生长的杀菌剂起抑菌作用，这两种作用都可以在农业生产上达到防病和治病的目的。杀菌剂的作用方式不同[52石斛网www.52shihu.com]，使用方法也各异，但从根本上来说，杀菌剂防治病害的原理不外乎三种，即化学保护，化学治疗和化学免疫。