猕猴桃根系为肉质根，含有大量淀粉和水分，由强大的侧根系组成，其主根在幼苗生长的初期已萎缩消失。侧根和发达的次生侧根形成簇生性侧根群，并间歇性替代生长。只有少部分侧根加粗生长，形成骨干根。
猕猴桃为浅根性植物。一般土壤条件下，一年生苗的根系分布在20~40cm土层，成年植株根系主要分布在20~60cm的土层中。其水平生长比垂直生长旺盛，一般水平分布为冠径的3倍左右。
不同地区的猕猴桃根系年生长周期有所不同，一般有3~4个生长高峰。第一次在伤流期，为一次很弱的峰，第二次在新梢迅速生长期后，第三次在果实迅速膨大期后，第四次在采果后到落叶前。根的生长主要和温度有关。据对品种的根系观察，土壤温度为8℃时根系开始活动[52石斛网www.52shihu.com]，12℃时生长加快，20.5℃时根系进入生长高峰期，随后生长开始下降，土壤温度在29.5℃时新根生长基本停止。
据狄维忠等人观察，猕猴桃根系导管发达，有大型的管胞，根压大。在营养生长期，如果切断一个骨干根后，枝、叶就会迅速萎蔫。由于根压大，春季伤流较严重。在伤流期剪断一个枝或一条根，会使枝条抽干枯死，因而伤流期不能修剪。
猕猴桃的根能产生不定芽，有较强的再生能力。