作物生长发育过程中除了需要氮、磷、钾、钙、镁、硫等营养元素外，还有一些元素需要量很少，在植物体内的含量范围一般只有百万分之几至十万分之几，最高含量一般不超过0.1%，而且在土壤中这些元素的含量也很低，这类营养元素总称为微量元素，含有这些微量元素的化合物，并用作肥料的就是微量元素肥料。菜地常用的微量元素肥料有锌肥、硼肥、锰肥、铜肥、铁肥和钼肥等几种。
（1）锌肥。
我国西北和华北地区土壤大范围缺锌，另外在江苏北部、湖北、安徽等地的石灰性土壤中锌的含量也较低。土壤中有效锌的丰缺指标列于表11，其中DTPA提取值适用于石灰性土壤，0.1摩尔/升盐酸提取适用于酸性和中性土壤。
北方地区土壤有效锌含量小于1.0毫克/千克，南方地区土壤小于1.5毫克/千克就需要施用锌肥。土壤有效锌含量大于此值的地方应参照植株含锌量进行诊断。一般而言，作物叶片中锌含量低于20毫克/千克时就需要施锌。
表11土壤有效锌含量丰缺指标
常用的锌肥有硫酸锌、氧化锌和氯化锌等几种。硫酸锌是最常用的含锌微肥，工业品硫酸锌有七水硫酸锌（ZnSO4·7H2O）含锌22%，和一水硫酸锌（ZnSO4·H2O），含锌35%两种，白色或浅红色结晶，易溶于水。氯化锌（ZnCl2），含锌40%～48%，白色结晶，易溶于水。这两种锌肥均是水溶性的，宜作追肥和叶面喷肥或作拌种施用，也可作基肥。叶面喷肥浓度为0.2%～0.3%，拌种每千克种子用1～3克锌肥，须先和钙镁磷肥等混匀后再拌种。氧化锌（ZnO）含锌60%～80%，白色粉末，不溶于水，宜作基肥施用，每亩1.0～2.5千克。
（2）锰肥。
质地偏沙，pH较高（＞6.5），含碳酸钙较多的土壤容易缺锰，土壤排水不良时更易引起锰的缺乏。土壤有效锰的丰缺指标见表12。
表12土壤有效锰丰缺指标
与大田作物相比，多种蔬菜对锰的需要量较高，土壤供锰不足时容易引起缺锰而减产。蔬菜中需锰较多的有洋葱、莴苣、豌豆、大豆、马铃薯、菠菜、芜菁等；需锰中等的有萝卜、胡萝卜、番茄、芹菜、甜菜等；菜花、甘蓝则需锰较少。一般作物叶片内含锰量小于20毫克/千克时即需要施锰肥，番茄等蔬菜作物叶片缺锰临界值在40毫克/千克左右。
常用锰肥有硫酸锰、氯化锰等。硫酸锰的化学分子式是MnSO4·H2O，含锰26%～28%；氯化锰的化学分子式是MnCl2·4H2O，含锰27%，两者都是粉红色结晶，易溶于水，水溶液也呈粉红色。硫酸锰和氯化锰均可作基肥，追肥或叶面喷肥施用。水溶性锰在中性和微碱性土壤中容易转化成难溶性锰，肥效降低，所以，用作叶面喷肥的效果明显高于土施。喷施用硫酸锰浓度一般为1000毫克/升左右，作基肥时亩用量约1～4千克，基肥可用缓效性锰肥如含锰玻璃肥料（锰含量10%～25%）、氧化锰（含锰41%～68%）、二氧化锰（含锰63%）等，用量可视其锰含量增减。
（3）硼肥。
我国南方地区酸性土壤缺硼面积较大，在北方地区的黄绵土、黄潮土和白浆土上也有缺硼土壤分布。用沸水提取的土壤有效硼丰缺指标见表13。
表13土壤有效硼丰缺指标
许多蔬菜作物喜硼，植株体内含硼量高于大田作物[52石斛网www.52shihu.com]，表14与表15是几种农作物含硼量的比较和临界指标。
表14几种作物的含硼量
表15几种蔬菜作物植株含硼量临界指标
在上述土壤丰缺指标和植株临界指标中均列出了中毒含硼指标值，这是因为硼虽然为植物所必需，但作物对硼比较敏感，易缺也易中毒，所以施用硼肥时必须注意。
常用的硼肥有硼砂和硼酸。硼酸（H3BO3）含硼17.5%，硼砂（·H2O）含硼11.3%，均为白色结晶或粉末，可溶于水，用作基肥、种肥和叶面喷肥。土壤有效硼含量＜0.2毫克/千克的严重缺硼土壤，宜将硼肥作基肥施用，每亩0.5千克硼砂。土壤有效硼含量0.2～0.5毫克/千克的土壤，硼肥作基肥或追肥均可。土壤有效硼含量0.5～0.8毫克/千克的土壤宜采用叶面喷施硼肥的办法补充硼，一般浓度宜控制在2000毫克/升左右。
（4）铁肥。
土壤中有效铁含量差异很大，一般北方石灰性土壤有效铁含量很低，南方水田土壤中的含量往往较高。用DTPA提取的土壤有效铁含量临界值为2.5～4.5毫克/千克，小于2.5毫克/千克的土壤为缺铁，必须施用铁肥。
常用铁肥品种有硫酸亚铁、硫酸亚铁铵、络合铁等。硫酸亚铁（FeSO4·7H2O）含铁19%～20%，淡绿色结晶，可溶于水，晶体在空气中易吸潮，被空气氧化成黄色或铁锈色。硫酸亚铁铵含铁14%左右，化学性状与硫酸亚铁相似。这两种无机铁肥土施无效，叶面喷施浓度一般为0.2%～0.3%，但效果不稳定。络合铁喷施效果优于无机铁肥，但价格较贵。硫酸亚铁与有机肥混合施用可提高其效果。
（5）铜肥。
酸性土壤中铜的有效性高，pH在7左右的中性土壤有效铜含量最低，碱性土壤中有效铜含量又变高。农作物缺铜较多发生在泥炭土、沼泽土和部分石灰性土壤上。土壤有效铜的丰缺指标见表16。
表16土壤有效铜丰缺指标
上表中DTPA法适用于石灰性土壤，盐酸法适用于中性和酸性土壤。
常用铜肥是五水硫酸铜（CuSO4·5H2O），含铜量24%～25%，蓝色结晶，易溶于水，水溶液酸性，有毒，可直接作农药防治病害。作基肥施用时，每亩用量1～2千克，隔3～5年施用一次。叶面喷肥用浓度0.2%～0.3%，可在溶液中加入少量熟石灰（0.15%～0.25%）以防药害。
（6）钼肥。
土壤中钼的可给性与土壤酸碱度有关，酸性土壤容易缺钼，随着土壤PH增加，土壤钼对植物的有效性提高。我国北方的黄土高原和以黄土为母质形成的土壤也因含钼量低而易缺钼。土壤有效钼的丰缺指标见表17。
表17土壤有效钼丰缺指标
常用钼肥为钼酸铵与钼酸钠。钼酸铵含钼50%～54%，白色或浅黄色棱形结晶，易溶于钼酸纳含钼35%～39%，白色棱状结晶，也易溶于水，主要用于叶面喷肥，浓度一般为0.01%～0.1%。施用时先将钼肥用少量热水溶解，再用冷水稀释到所需要的浓度。