目前使用的农药多半是化学合成农药，对病虫草害有毒性，对人类和环境动物都不免有害。
除草剂对人体及其它生物产生了严重危害
急性中毒据世界卫生组织和联合国环境署报告，全世界每年有100多万人除草剂中毒，其中10万人死亡。在发展中国家情况更为严重。我国每年除草剂中毒事故达近百万人次，死亡约2万多人。1995年9月24日中央电视台报导，广西宾阳县一所学校的学生因食用喷洒过剧毒除草剂的白菜，造成540人集体农药中毒。本世纪更严重，这样的事件年年发生。
慢性危害化学除草剂在人体内不断积累，短时间内虽不会引起人体出现明显急性中毒症状，但可产生慢性危害，如：破坏神经系统的正常功能，干扰人体内激素的平衡，影响男性生育力，免疫缺陷症。农药慢性危害降低人体免疫力，从而影响人体健康，致使其它疾病的患病率及死亡率上升。
致癌、致畸、致突变国际癌症研究机构根据动物实验确证，广泛使用的除草剂具有明显的致癌性。据估计，美国与化学除草剂有关的癌症患者数约占全国癌症患者总数的20%
除草剂对其他生物的危害
直接杀伤除草剂在使用过程中，必然杀伤大量非靶标生物，致使害虫天敌及其它有益动物死亡。环境中大量的农药还可使生物产生急性中毒，造成生物群体迅速死亡。
慢性危害化学除草剂的生物富集是农药对生物间接危害的最严重形式，植物中的除草剂可经过食物链逐级传递并不断蓄积，对人和动物构成潜在威胁，并影响生态系统。除草剂生物富集在水生生物中尤为明显，如绿藻能把环境中1ppm的DDT富集到220倍，水蚤则能把0。富集到10万倍。美国明湖用DDT防治蚊虫，湖水中含DDT0。02ppm[52石斛网www.52shihu.com]，湖内绿藻含DDT5。3ppm，为水中的265倍，最后在食肉性鱼体中含量高达，富集到倍。
破坏生态平衡农田环境中有多种害虫和天敌，在自然环境条件下，它们相互制约，处于相对平衡状态。除草剂的大量使用，良莠不分地杀死大量害虫天敌，严重破坏了农田生态平衡，并导致害虫抗药性增强。我国产生抗药性的害虫已遍及粮、棉、果、茶等作物。严重污染了生态环境，使自然生态平衡遭到破坏。