防除菟丝子的方法之一就是设法将其消灭于种子发芽或幼苗阶段，这样就避免了它与农作物寄生关系的建立。
菟丝子幼苗的根部没有生长点，茎尖生长点的细胞分裂与伸长促进了幼苗的生长，而幼苗生长的能量来源干旺乳中的贮藏物质。由于菟丝子的幼苗叶绿素含量少，RUDP糍化酶和PEP援化酶的话性也报低，导致其光台作用极其微弱。不足以补偿呼吸作用对能量的消耗，即净光台强度是负值。因而当幼苗生长15天左右，胚乳中养分消耗完以后，如果不能遇到寄主，它将饥饿而死。选就说明菟丝子的幼苗期的生长并不依赖干光台作用供给能量，由此可以旨定大多数用于土壤处理的抑制光台作用的兰氨苯类和取代脲类除草剂对菟丝子幼苗不会有防除教果。
防除菟丝子的另一方法就是消灭其干寄生阶段，即当其寄生到农作物上以后用适当的除草剂将其选择性地消灭。菟丝子无叶片，茎叉很细，表面积小，因此用触杀型除草剂无浩将其选择性地消灭。因为寄主宽大的叶片会将喷雾中的犬部分农药吸收，药剂对寄主本身的危害程度将远远大干对菟丝子。当菟丝子处于寄生阶段时，它的吸器伸入到寄主茎或叶柄组织，其吸收细胞从寄主筛管中获取大量的有机物质供其生长发育的需要。
只有韧皮部输导型除草剂才可进入寄主筛管中，且在韧皮部中移动性越好，越容易被菟丝子积累。在韧皮部输导型除草剂中，草甘瞵是最典型的一种。它经叶面处理后，可以迅速地从处理部位移动到代谢旺盛的根尖和茎尖。草甘瞵是一种灭生性除草剂，用正常浓度处理处于寄生阶段的菟丝子时，它对寄主农怍物无疑是会产生药害，难以达到选择性地消灭菟丝子的目的。但用很低浓度处理时，它则可能会被寄主忍受，且一旦进入寄主筛管后，大部分被菟丝子截走，也会减轻它对农作物的药害；而菟丝子车身则可能由于大量积累草甘瞵而达到其致死剂量。因而低浓度的草甘膦理论上可以选择性地消灭寄生干大豆上的菟丝子。
菟丝子又称豆寄生、无根草，是外来物种，虽可入药，但对其他植物危害极大。菟丝子无叶无根，靠吸附在其他植物上吸取其养分生存。被附着的植物一般会因被覆盖和失去养分而逐渐枯死。菟丝子主要通过种子和藤茎分枝进行繁殖[52石斛网www.52shihu.com]，生长迅速，难以根除，被人们称为植物的“吸血鬼”。
菟丝子色彩鲜艳，容易被发现。清除菟丝子的方法，一是清除藤蔓，集中深埋或送垃圾场焚烧处理，“切不可随地乱扔，乱扔只会加速其繁殖”。二是对有种子落地的地块作深翻处理，使其不能发芽或发芽后失去寄主而死亡。三是药剂防治，可用药物有五氯酚钠、扑草净、迈隆、大克草、二氯苯晴等，但是药剂浓度掌握不好可能误杀植物，建议在技术人员的指导下进行药剂防治。