可作为芽苗菜生产用的种子种类很多，形状各异。但从植物形态解剖角度进行研究，大多数种子的构造有共同之点，即每粒种子都由胚、营养组织和起保护作用的种皮组成。
1。果皮和种皮果皮并不包括在种子构造内，但有些果实在表面上和种子很相像，如颖果、瘦果等。在生产中通常不必脱去果皮，可以直接作为播种材料，甚至有时在生产中脱去果皮反而影响芽苗的生长。例如荞麦种子，脱去果皮进行荞麦芽生产，极易引起烂种，不利于芽苗生长。
果皮由子房壁发育而成，一般分三层：外果皮、中果皮和内果皮。但在一些作物中，如小麦、荞麦等果皮分化均不明显。果皮可视为包在种皮外的保护构造，其组织的层次与厚薄、结构的致密程度、胞壁的加厚及细胞内所含的各种化学物质均会对种子的休眠、寿命、发芽等发生直接或间接的作用。
种皮由一层或二层珠被发育而成，外珠被发育成外种皮，内珠被发育成内种皮，外种皮质厚而强韧，内种皮多呈薄膜状。禾谷类作物种皮到成熟时，只残留痕迹；而豆类作物种子的种皮一般都很发达。
2。胚胚是种子最主要的部分。通常是由受精卵发育成的幼小植物体。成熟的花粉粒落到成熟的雌蕊柱头上之后，柱头上便不断分泌出某种特殊的酶和丰富的营养物质，以促进花粉粒迅速开始萌发，形成细长的花粉管。其中发育最快的花粉管穿透柱头沿着花柱进入子房到达珠孔，再沿着珠孔穿透珠心进入胚囊中。此时花粉管前端破裂，其内含物质流入胚囊中，二个精核中的一个与胚囊中的卵细胞结合成合子，由合子形成了胚。胚由四部分组成，即胚芽、胚轴、胚根和子叶。
（1）胚芽。又称幼芽，是叶、茎的原始体。位于胚轴的顶端部分。
（2）胚轴。又称胚茎，是连接胚芽和胚根的过渡部分。在种子发芽之后[52石斛网www.52shihu.com]，才伸长而逐渐明显。因为它位于子叶着生点以下，所以又称为下胚轴。我们日常食用的绿豆芽，吃的就是下胚轴伸长部分。
（3）胚根。又称幼根，位于胚轴的下部，为植物未发育的初生根。在胚根中已经可以区分出根的初生组织与根冠，在根尖有分生细胞，当种子萌发时，这些分生细胞迅速生长和分化，产生出根部的次生组织。
（4）子叶。胚和种苗的第一片叶或第一对叶（非真叶）。有些种子只有一片子叶（单子叶植物），有些种子有二片子叶（双子叶植物）。子叶和真叶不同，子叶常较真叶厚，叶脉一般不明显。子叶在种子内的功能是贮藏营养物质，如大豆、花生的子叶中含有丰富的蛋白质和脂肪，蚕豆、豌豆种子的子叶中除蛋白质外，还含有相当多的淀粉。
3。胚乳某些种子中经受精作用而成的、成熟时保留下来的营养组织。胚乳有二种不同的来源：由珠心层直接发育而成的称外胚乳，由极核和雄核结合发育而成的称内胚乳。有的胚乳在种子发育过程中就被胚所吸收而完全消耗掉，成为无胚乳种子。在无胚乳种子中，营养物质贮藏于胚内或子叶内，特别是子叶内较多。