白灵菇产生畸形菇的原因比较多，也比较复杂。现简要介绍如下：
（1）房棚结构不合理
有的塑料大棚（菇房）通风口朝着菌墙两端；也有的虽然开有通风口，但为了保温，始终没打开。由于棚内空气不流通，造成严重缺氧，致使好气性的白灵菇变成畸形。
（2）菌墙堆叠欠妥
菌袋进棚堆垛或垒墙太高，10袋一码，超过1米；有的菌墙之间填入黏性土壤，不透气；有的填土后烧水不足；有的菌墙码垛过于密集，中间不填土；有的菌袋垒墙时，菌袋露外部分割膜，又无保湿措施，致使菌袋失水干燥。
（3）先天性营养缺陷
配方中原辅料棉籽壳、麦麸陈年受潮霉变，养分降解；有的因培养基酸败，有的因菌袋内水分蒸发，菌丝体脱水。这些属于先天性营养不良，形成菇盖薄[52石斛网www.52shihu.com]，菌盖边缘波状或不展盖，色偏黄不白的变异菇。
（4）催菇太早
栽培者求菇心切，菌丝没有达到生理成熟就开始催蕾，催生了早产的畸形菇。
（5）催蕾技术没到位
低温刺激不够，导致子实体发育受到抑制而变形。有的在冬初菌袋进棚催蕾时，为了保温，疏忽了通风，棚内严重缺氧，结果催出的尽是长菇柄或拳头菇。
（6）疏蕾太保守
明知蕾太密，舍不得摘掉，留蕾太多。结果菇体互相拥挤，出现并连蝴蝶菇、侧向长牛舌菇等畸形菇。
（7）管理不善
白灵菇子实体生长发育期间，因温、光、气调节不好，导致菇体发育斜侧长出，或驼背或盖面凹陷，或斑点麻脸、色变等。