，肉豆蔻主要含挥发油、脂肪油、树脂、双丙烷类化合物等。挥发油中主要含肉豆蔻醚、丁香酚、黄樟醚及多种萜烯类化合物。脂肪油中主要是肉豆蔻酸甘油脂。
肉豆蔻炮制不只是解决拉肚子问题，肉豆蔻醚具毒性，有致幻作用。炮制对理化性质和药理作用均可产生一定影响。
实验表明，肉豆蔻经煨制后，挥发油较生品减少约20%，且颜色变深，折光率、旋光度均有改变。有人测定了肉豆蔻炮制前后挥发油和脂肪油含量。结果表明，除滑石粉烫后挥发油和脂肪油略有减少外，其他炮制品的含量与生品基本相同。经几种仪器分析，其生品与炮制品的脂肪油和挥发油没有发生变化。测定肉豆蔻中鞣酸含量，其变化亦不大，故认为肉豆蔻可以生用。还有一些实验表明，肉豆蔻炮制品的挥发油和脂肪油含量减少。炮制后挥发油颜色加深，比重增大，旋光度减少，折光率改变，挥发油中肉豆蔻醚亦降低。对肉豆蔻滑石粉烫、面裹煨和麸炒不同受热条件的炮制品挥发油含量变化进行研究，结果表明，炮制温度和时间对挥发油含量有显著影响，通过对肉豆蔻挥发油GC/MS/DS定性鉴别出了32种化合物，并测定了成分百分含量，其中有些成分是首次发现的。经进一步实验，结果证明，不同炮制品在炮制前后主要化学成分相同，但各组分含量发生变化，炮制品肉豆蔻醚通常减少了30%，其降低程度与炮制温度和时间有密切关系。用薄层扫描测定不同炮制品挥发油中肉豆蔻醚和黄樟醚的含量，发现炮制后肉豆蔻醚含量明显下降，故炮制能减毒。但黄樟醚的变化不规律，有降低也有升高。通过考察炮制温度和时间，发现肉豆蔻醚含量基本上随温度升高和时间延长而降低。温度高、时间短的样品其肉豆蔻醚含量变化不大。说明炮制程度不够，相当于传统所谓“外焦内生”之品。温度低、时间长的炮制品肉豆蔻醚明显降低。因此说明在温度适宜情况下，时间是主要因素，加热时间越长，肉豆蔻醚降低就越多。初步认为麦麸煨以130～150℃20分钟为宜；面裹煨170～190℃20分钟为宜；滑石粉煨以140～160℃15分钟为宜。且测定结果表明，肉豆蔻醚降低以面煨为最显著，其次是麸煨、滑石粉煨。但面煨与麸煨无显著差异，尚需大量面粉；滑石粉煨止泻作用差，毒性成分降低少，因此以麸煨法为佳。另一研究结果与上有差异，通过GC/MS比较分析，发现肉豆蔻在炮制前后挥发油等量进样情况下变化不大，但肉豆蔻醚明显降低[52石斛网www.52shihu.com]，尤以滑石粉煨降低最多，黄樟醚也略有降低。在化学组成上各样品间各有差异，面煨品、滑石粉煨品出现了新组分，有待进一步研究。对肉豆蔻(种仁)和肉豆蔻衣(假种皮)及其炮制品进行脂肪酸含量比较分析。结果肉豆蔻衣脂肪酸含量明显高于种仁，但两者在脂肪酸组成上不尽相同，种仁以肉豆蔻酸为主，假种皮以软脂酸和油酸为主。两者均有所降低。
药理实验表明，煨肉豆蔻的水煎剂和挥发油乳剂，皆比生品抑制离体兔肠蠕动的作用增强。另有实验也证明，生肉豆蔻水煎液对家兔离体回肠略有兴奋作用，而各种炮制品水煎液对肠管均呈现抑制作用。还有研究表明，肉豆蔻不同炮制品中的挥发油对小鼠腹泻有很好的止泻作用，其强度是：面煨>；麸煨>；生品>；滑石粉煨。
在炮制工艺方面，除现行方法外，有人提出了一些改进方法：以湿纸裹用热滑石粉煨，或先将肉豆蔻打成颗粒，包1～2层湿纸再包面皮煨；将肉豆蔻切成4～6小块，用面粉炒，以降低油分；先将肉豆蔻润湿，如泛丸法裹一层滑石粉，再用面粉泛3～4层，煨后放糖衣机内，利用糖衣机转动冲撞掉面皮；将肉豆蔻在热砂中炒软，切成两瓣，再用麸炒；先闷润12～18小时，蒸40分钟左右，切片，麸炒；先将肉豆蔻炒出油，再加麦麸拌炒吸油；用湿麸炒煨法(麦麸与药材之比为1:2)至麦麸呈焦黄色，去麦麸，趁热切片；还有用土煨法、赤石脂煨法(均按加辅料炒法操作)去油。清水浸泡1小时，取出，置蒸锅内蒸制法。
对肉豆蔻饮片炮制前后的挥发油进行化学成分分析，结果肉豆蔻经炮制后挥发油成分发生了质和量的变化，出现13个新成分，4个原有成分消失，止泻成分甲基丁香酚、甲基异丁香酚含量增加，毒性成分肉豆蔻醚、黄樟醚含量降低。结论：肉豆蔻采用水浸泡麸煨最佳炮制工艺具有一定科学意义。对肉豆蔻不同炮制品对小鼠小肠推进及药物性腹泻的影响进行了实验观察。结果表明肉豆蔻经煨制后可对抗番泻叶及蓖麻油的致泻作用，且肉豆蔻的炮制品与生品比较，能明显抑制小鼠小肠推进运动，并能抑制新斯的明引起的小肠推进功能亢进。
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