1、分布范围不同
紫花苜蓿（紫花苜蓿一般指紫苜蓿）：
国内分布：全国各地都有栽培或呈半野生状态。生于田边、路旁、旷野、草原、河岸及沟谷等地。保康、襄樊、老河口、谷城、潜江为主。国外分布：欧亚大陆和世界各国广泛种植为饲料与牧草。
黄花苜蓿（黄花苜蓿一般指野苜蓿）：
分布于中国东北、华北、西北各地。欧洲盛产，俄罗斯、哈萨克斯坦、乌兹别克斯坦、土库曼斯坦、吉尔吉斯斯坦、塔吉克斯坦、蒙古、伊朗等亚洲地区分布也很广泛，世界各国都有引种栽培。
2、形态特征不同
紫花苜蓿：
高厘米。根深入土层，根颈发达。茎直立、丛生以至平卧，四棱形，无毛或微被柔毛，枝叶茂盛。花序总状或头状，长1-2.5厘米，具花5-30朵；总花梗挺直，比叶长；花长6-12毫米；花梗短，长约2毫米；花冠各色：淡黄、深蓝至暗紫色。种子卵形，长1-2.5毫米，平滑，黄色或棕色。花期5-7月，果期6-8月。
黄花苜蓿：
高（20）（-120）厘米。根木质，茎平卧或上升，圆柱形，多分枝。茎平卧或上升，圆柱形，多分枝。花序短总状，长1-2（-4）厘米，具花6-20（-25）朵，稠密，花期几不伸长；总花梗腋生，挺直，与叶等长或稍长；花长6-9（-11）毫米；花梗长2-3毫米，被毛；花冠黄色。有种子2-4粒。种子卵状椭圆形，长2毫米，宽1.5毫米[52石斛网www.52shihu.com]，黄褐色。花期6-8月，果期7-9月。
3、主要价值不同
紫花苜蓿：
紫花苜蓿以粗蛋白质含量高而著称。苜蓿的粗蛋白质中氨基酸种类齐全、组成合理，含有20种以上的氨基酸，包括人和动物的全部必需氨基酸，以及一些稀有氨基酸如瓜氨酸、刀豆氨酸等。紫花苜蓿的蛋白质及氨基酸比例均衡，与动物体内的蛋白质及氨基酸组成比例相似，转化效价较高。
黄花苜蓿：
野苜蓿富含维生素A、C、E及多种氨基酸，其幼嫩茎叶尖部分可作蔬菜，营养价值高、味美，是冬春季节猪、牛、羊、兔、家禽、马属动物的优质青绿饲料。荚果熟时自然开裂，种子收获量低，故在大田栽植尚有一些技术问题，主要是用来和紫苜蓿杂交培育优良的地区性新品系。