灵芝生于阔叶树的基部或朽木上，树木的腐朽伤痕上，有时也生于针叶树上，《纲目》泉水之旁。赤芝最苦，越苦药效越好，一年生真菌，少数多年生；紫芝，味淡或微苦，有柄，一年生真菌；《本草纲目》所记载的青芝、白芝尚不多见；今“黑肉假芝”同黑芝用，菌盖无光泽，柄芯空，易生虫，菌肉黑色，切片泡水中初期成葡萄酒样红色、之后变为黑红色；黄灵芝一名金芝，无柄，多年生真菌。赤灵芝烘烤干，菌盖不变色，溢出红亮漆样光泽，烘烤干还可杀死灵芝内的寄生虫卵、便于长期保存；水蒸后的赤灵芝菌盖黑亮，虽高温可杀死芝内的寄生虫卵、便于长期保存，但今人多用此法来“冒充”黑灵芝卖。
野生灵芝：菌盖木栓质，形态各异、长在一起的雄雌两株形态相似，香味浓。人工栽培的灵芝每朵形态都一样。灵芝未成熟时菌盖边沿有一圈嫩黄白色生长圈、成熟后消失并喷出孢子粉。野生赤芝并不是都有菌柄[52石斛网www.52shihu.com]，有柄或近无柄或无柄；紫芝有柄极少数无柄或近无柄。灵芝菌柄红褐色至黑色，都有漆样光泽，坚硬。灵芝生长中的光线过低就只长菌柄、不开片，如鹿角芝、灵芝草类。野生赤芝的菌盖少数有天然漆样光泽，经洗净烘烤干后，菌盖会溢出漆样光泽的灵芝油，有环状棱纹和辐射状皱纹。野生灵芝大小和形态变化较大。菌背面，有无数细小管孔，管口呈白色或淡褐色，灵芝生长初期菌背面一眼看去就一片白色，每毫米内有4～5个管孔，管口圆形，内壁为子实层。灵芝种子（孢子），卵圆形，壁两层，针尖大小，褐色，集多粉末状。