清同治十二年（公元1873年）十月，浙江省余杭县所在地余杭镇发生一起命案，豆腐店伙计葛品连暴病身亡。知县刘锡彤怀疑本县举人杨乃武诱奸葛品连之妻毕秀姑，毒毙葛品连，对杨乃武与毕秀姑重刑逼供，断结为“谋夫夺妇”罪，上报杭州府衙和浙江省署。杭州府与浙江省也照原拟断结，上报刑部。后经杨乃武之姐杨淑英二次京控，惊动朝廷中一批主持正义的官员，联名上诉。朝廷下旨，由刑部开棺验尸，才真相大白，冤案昭雪。
杨乃武，余杭人氏，居住余杭镇县前街澄清巷口。清同治十二年八月中了举人，时年33岁。他为人耿直，好管不平之事出有因，与余杭知县刘锡彤积怨颇深。
当时，镇上有一漂亮姑娘名叫毕秀姑，因常穿绿衣白裙，街坊唤她外号“小白菜”。她18岁那年与葛品连成亲，租住杨乃武家的后屋一间，两家相处和谐，毕秀姑常到杨家聊天吃饭，杨乃武教毕秀姑识字经。街坊中好事之徒便传言“羊（杨）吃小白菜”。葛品连心中怀疑，遂搬出杨家，移住太平口。
十月初七日，葛品连身发寒热，膝上红肿，毕秀姑劝他在家休息，葛品连不听，又去豆腐店帮工。初九日早晨回家时，畏寒发抖，喉中痰响，口吐白沫，至晚身死。至初十日夜间，尸身发变，口鼻有淡血水流出。其义母冯许氏怀疑他中毒。其母葛喻氏遂以其子死因不明，告之县衙，恳求相验。
知县刘锡彤素与杨乃武有隙，闻告后，怀疑杨乃武与毕秀姑谋毒，亲率衙役，仵作前往验尸。时正午刻，死者皮色淡青，肚腹有浮皮疹疱。仵作沈祥见口鼻内存血水流入眼耳，认作“七窍流血”，用银针探入咽喉有青黑物，认为服毒致死。刘锡彤将毕秀姑带回县署审问，供不知情。次日动刑逼供，一连三拶（挟手指的刑具），毕秀姑受刑不过，诬称与杨乃武私通，初五日授与砒毒，谋杀亲夫。
刘锡彤即传杨乃武对质。杨乃武不认，怒斥知县诬陷。因杨乃武是新科举人，不便动刑。刘锡彤遂申请上司请其举人斥革，然后对杨乃武动刑，杨被迫诬服。刘锡彤认为案情已明，就将验尸结果和审讯情况详报杭州府。
杭州知府陈鲁听信知县之言，对杨乃武滥施酷刑。杨被迫混供。说是初三日以毒鼠为名，在仓前钱宝生药铺买红砒四十文，交葛毕氏。为补齐钱宝生卖砒的旁证材料，刘锡彤回余杭传讯钱宝生核查，钱宝生供称自己名唤钱坦，没有用过钱宝生的名字，爱仁堂是小药铺，没有卖过砒霜。县衙师爷陈湖对钱宝生威胁利诱，又请任县衙训导的仓前人章浚致函钱宝生，嘱其大胆承认，决不拖累，如不承认，有杨乃武供词为凭，要加重治罪。钱宝生才作了伪证，出具卖砒文书。
杭州知府陈鲁见三证已齐，上报浙江巡抚杨昌睿。杨昌睿认为案情确实，依原拟“谋夫夺妇”罪断结，上报刑部批复执行。
杨乃武在狱中写下诉状，由胞姐杨淑英带出，会同其其妻詹彩凤，上京向都察院控告，结果被都察院押送回浙。第一次京控失败，杨淑英去找杨乃武在杭州的同学吴以同。当时吴以同在胡雪岩家任西席，正巧兵部右侍郎夏同善丁忧期满回京[52石斛网www.52shihu.com]，途经杭州，胡雪岩为他饯行。席间，吴以同说及杨乃武之冤案，夏同善答应回京相机进言。
九月，杨淑英与詹彩凤二上北京，夏同善介绍他们遍叩浙籍在京官员30余人，并向刑部投递冤状。夏同善又联络军机大臣翁同龢，把本案内情面陈两太后。清廷下谕，派礼部侍郎胡瑞澜（时兼任浙江学政）为钦差，在杭州复审。浙江巡抚扬昌睿调宁波知府边葆诚、嘉兴知县罗子森、候补知县顾德恒、龚心潼随同审理。审讯时，杨乃武与毕秀姑翻供，即用大刑，把杨乃武两腿夹折、毕秀姑十指拶脱。杨、毕两人在重刑之下，再度诬服。
十月十八日，胡瑞澜将案情报刑部，刑部详细研究，发现情节多存不合，奏请朝廷。又令胡瑞澜重审，谕明不得用刑。杨乃武拼死翻供。证人钱宝生已病故，无法定之谳。
十二月，浙江士绅吴以同、汪树屏等三十余人联合上告，请求将人犯解京审讯，以释群疑。夏同善等京官多次在慈禧太后前为此案说话。朝廷下旨，责令杨昌睿将此案所有卷宗、人犯、证人、连同葛品连尸棺押运到京。刘锡彤也解任同行。
光绪二年十二月，刑部大审，都察院、大理寺会审，杨乃武剖辩案发经过，否认通奸谋毒之事，毕秀姑口呼冤枉，照实直说。又审问尸亲及证人，提审门丁沈彩泉、仵作沈祥、爱仁堂药铺伙计等人，都供出真情。接着，开棺验尸，确属病死，并非中毒。蒙冤三年多的案件终于真相大白。
二月十六日，清廷下谕，革去刘锡彤余杭县知县职务，从重发往黑龙江赎罪。杭州知府陈鲁、宁波知府边葆诚、嘉兴知县罗子森、候补知县顾德恒、龚心潼、锡光草率定案，予以革职。侍郎胡瑞澜、巡抚杨昌睿玩忽人命，也予以革职．其他人员也以拟罪，仵作沈祥杖八十，徒二年．门丁沈彩泉杖一百，流放三千里．章浚革去训导之职．葛品连之母沈喻氏杖一百，徒四年．毕秀姑不避嫌疑，致招物议，杖八十．杨乃武不遵礼教，革去举人．陈湖因监毙、钱宝生病故，免去刑罚。
杨毕冤案历经三年又四个月，案情曲折，轰动朝野。杨乃武出狱后，以养蚕种桑为生，民国3年（1914）患疮疽不治而死，年74岁，墓在余杭镇西门外安山村。毕秀姑出狱后，在南门外石门塘准提庵为尼，法名慧定。民国10年（1930）圆寂，年76岁。