根据不同目的、方法，识别和区分果树种和品种的泛称。通过果树分类研究，可为果树栽培、遗传、育种提供科学依据，有利于果树业的发展。
果树分类的范围
既包括栽培果树，也包括野生果树。所以在果树分类中，除了以种的分类为基础外，还包括栽培品种和品系。与种不同，品种和品系不是自然形成的，而是经过人工多年选择定向培育的结果；它们要求一定的自然条件和农业技术措施，因此，品种也有其一定的适应区域。品种的特征多属于植物体整体或部分的经济性状。在果树的品种中以果实的大小、形状、颜色、香味、品质、成熟期等性状为主；此外如丰产性、适应性等生物学特性也十分重要。这些特性绝大多数要通过无性繁殖如嫁接、扦插等才能保持。一般果树的品种，如用实生繁殖，就会发生变化。
植物分类学是果树分类的主要依据，对于野生果树的开发利用和栽培果树的品种改良都有很大帮助。但作为栽培作物，果树除了按植物系统进行分类外，还有其他分类方法，也就是园艺学上实用的人为分类。这些分类有时往往不象植物系统分类那样严谨，却各有其栽培方面的应用价值。
果树分类的方法
植物学分类
将果树植物按自然分类系统进行的分类。自然分类系统或称系统发育分类，是从19世纪后半期开始的。这种分类法力求客观地反映出生物界的亲缘关系和演化发展。植物分类学家以物种为研究对象，从众多的植物中建立起一个梯级结构的分类体系。在各个级别之间有层次关系，如白梨在植物学分类中的位置为：
虽然现代大部分的植物仍是根据解剖学的性状来分类的，但对以前未受重视的非结构性的特性如生理、生化的分类学意义也作了大量研究。近代电子显微镜技术、细胞学、遗传学及植物化学等都为系统发育分类提供了新的条件。电脑的出现还使数量分类技术得以实现。自然分类系统正在日趋完善中，一些已经充分研究过的系统群的分类，已接近真实的系统发育。所以主要根据植物分类学的科、属、种的排列，在果树资源开发利用、砧木和授粉树的选择、病虫害防治以及品种改良等方面有很重要的参考价值。
由于野生果树的不断发现和统计标准不一，各国学者对果树种类的统计结果很不一致。全世界果树计有2792种，隶属于134个科和659个属。其中较重要的约有300个种。根据俞德浚的初步统计（1979年），中国共有果树为59科，158属，670余种。其中尤以蔷薇科、芸香科、葡萄科、鼠李科、无患子科、桑科等种类较多，经济价值也最高。从世界果树看，山毛榉科、核桃科、芭蕉科、棕榈科、凤梨科、桃金娘科、漆树科、山竹子科、番木瓜科都很重要。以属而论，柑橘属、李属、苹果属、梨属、树莓属、葡萄属、山竹子属、猕猴桃属等都是果树种类较多的属。
园艺学分类
有多种分类方式。最简单的是将果树分为水果和坚果两大类。
按叶的生长期划分
可分为落叶果树和常绿果树两类。前者主产在温带地区，如葡萄、桃、李、杏、苹果等：后者主产于热带和亚热带地区，如柑橘类、荔枝、枇杷等。
按果树植物的生长习性划分
①乔木果树，如苹果、梨、核桃等：②灌木果树，如树莓、醋栗、越橘等；③藤本果树，如葡萄、猕猴桃、西番莲等；④多年生草本果树，如香蕉、菠萝、草莓等。
按果树植物适宜的栽培气候条件划分
①热带果树，适宜于无霜冻地带，多数在低于20℃时即停止生长。有些种类由于干燥气候会被迫休眠，如葡萄柚、来檬、忙果、油梨、腰果：而有些如菠萝、香蕉、番木瓜、椰子则喜欢全年雨量分布均匀的气候。热带果树的栽培分布多在20°N～20°S之间。中国海南岛的热带果树有香蕉、菠萝、树菠萝、忙果、人心果、椰子、番木瓜等。国外的热带果树还有海枣、山竹子、红毛丹、榴连、榔色果、番荔枝、番石榴等。②亚热带果树，生长于偶有轻霜出现的地带。亚热带果树通常每年需要通过1～2个月、低于10～13℃的冷凉气候的休眠期，才能很好开花结果。亚热带果树的栽培分布范围在南北回归线至南北纬30°之间。包括畏寒性常绿果树荔枝、龙眼、杨桃、蒲桃、苹婆、柠檬、黄皮等，耐寒性常绿果树枇杷、温州蜜柑、金柑、杨梅、橄榄等。落叶性亚热带果树有无花果、石榴等。③温带果树，为了正常的开花结果，每年常需要一定的冷冻期。其中暖温带果树的分布范围，约在31°N～40°N和31°S～40°S之间，如中国长江与黄河流域之间。有桃、李、沙梨、柿、枣、葡萄等。一般温带果树分布于40°N～55°N和40°S～55°S之间，如中国的华北、东北地区，有秋子梨、白梨、苹果、山楂、欧洲李、核桃、醋栗、山葡萄等。这种分类在树种的归属上还有些分歧。有的国家习惯将无花果、油橄榄、阿月浑子和石榴作为暖温带果树；有的又把柿、猕猴桃作为亚热带果树。这是由于有些果树很难断然划分，种内的差异很大，特别是经过长期驯化栽培后，出现了许多品种，扩大了它们的适应性。果树的栽培分布已远远超过了它们原始种的自然分布的范围。热带果树中的香蕉、菠萝、番木瓜和一些柑橘类果树等已经在亚热带地区大规模生产就是很好的例子。
通用的分类方法
果树的园艺学实用分类方法各国也不尽相同，目前较通用的分类方法是基本上根据果实形态结构和利用特征并结合生长习性划分为6大类：①核果类果树，内果皮木质化构成果实中央的硬核，食用部分主要是肉质的中果皮和外果皮。有桃、李、杏、梅、樱桃和枣等。一些在植物形态学上也属核果的如杨梅、橄榄、核桃等，由于其习性不同，栽培方法大有差别或利用部分不同，一般在果树园艺上不列入核果类。欧美许多国家所称，核果类果树实际上仅限于蔷薇科李属（）的一些果树（见核果）。②仁果类果树，属于梨亚科（）的蔷薇科果树。都是落叶性乔木。食用部分主要是肉质的花托发育而成，心皮形成果心（见仁果）。有梨、苹果、花红、山楂、榅桲等。常绿果树中枇杷的果实，在植物形态学上虽也属仁果，但在果树园艺中多列入亚热带果树类。③浆果类果树，其果实一般果皮较薄，果肉多汁柔软、种子小，全果或中果皮和内果皮供食用（见浆果）。有葡萄、草莓、猕猴桃、无花果、醋栗、越橘等。但在欧美一些国家有另分一类称小果类果树（）有树莓、草莓、越橘等。实际在植物形态学上，草莓和树莓为聚合果，无花果、桑为复果或多花果，这些果实结实不相同，食用部分也各异，但柔软多汁，果实不很大。④柑果类果树[52石斛网www.52shihu.com]，果实外部是具有油泡的革质外果皮，食用部分是内果皮瘤状突起的汁泡（见柑果）。有柑、橘、橙、柚、柠檬等柑橘类果树。⑤坚果类果树，果实外面多具有坚硬的外壳，食用部分多为种子，含水分较少而富淀粉、脂肪和蛋白质（见坚果）。有核桃、山核桃、板栗、榛、香榧、银杏、扁桃、腰果等。其中核桃、山核桃、扁桃按植物形态学应是核果，而银杏、香榧属于裸子植物，是种子不是果实，统称为坚果也只是为了应用上方便。因为这类果树产品的采后处理、贮藏、加工和利用方面有不少共同之处。⑥亚热带和热带果树，产地虽然比较相似，但果实构造相差很大，栽培分布于亚热带和热带的果树。有龙眼、荔枝、忙果、椰子、香蕉、菠萝、番木瓜、油梨等，从植物系统分类上看，更属庞杂。
上述分类，除了仁果类和柑果类果树界限比较明显外，其余都不是单纯根据果实形态结构严格区别的，大多是一个泛泛的综合名称，不容易严格划分。世界各国学者对果树分类方法的意见也还不一致。主要依从各自园艺学实用习惯分类。
果树品种分类
果树分类中，栽培品种的分类标准也很不一致。品种既是人工选择培育的结果，因此，往往有人强调只要选择1～2个经济性状，就可以作为分类的依据。这种方法虽然比较简单，应用也方便，但缺点是对品种数目较多的果树不易划分。很多形态特征各异的品种排列在一起，也看不出彼此间的亲缘关系。栽培果树既然起源于野生植物，品种分类标准应首先放在种的分类基础上。一般采用的方法是将同一种或同一变种起源的品种，不论是一个种的变种或染色体加倍所成的多倍体，都列为一个品种系统。如中国梨的品种总数在1000个以上，单纯从果实形态或其经济性状来区分比较困难。如果首先根据种的综合特性划分为秋子梨、白梨、沙梨、川梨、西洋梨、新疆梨等系统，就可以大大减少品种分类的复杂性。自然，对于杂种分类也要认真考虑。
品种所属系统划分后，如还有多数相近的品种时，还要进行品种和亚群的划分。每一品种群的特征除了包括1～2个经济性状外，最好还要选择若干相关的其他农业生物学特性，才能把品种分类放在相对稳定的基础上而便于应用。
命名原则
果树植物的命名，根据国际植物命名法则的规定。为了便利国际交流和统一植物名称，这项法则自1866年巴黎国际植物学会议开始，每隔4～5年即进行修订和补充，已经逐渐完善，为世界普遍采用。法则的主要原则有以下几点：①一种植物只能有一个合法的拉丁学名；②拉丁学名采用双名制，即一个属名和一个种名。属名在前，种名在后；③属名用名词，首字大写。种名用形容词，首字小写；④植物的全部种名应包括种名命名者的姓氏，放在种名之后，首字大写；⑤合法的学名必须附有正式发表的拉丁文描写；⑥若一种植物已有两种或更多的学名时，只有最早的和不违背命名法则的为合法名称。中国果树植物的名称与现代植物分类等级名称相比，大多数相当于植物的属名，有时在属名上加形容词便成为种名。如梨属（Pyrus）中的白梨、沙梨、豆梨、新疆梨等。
果树品种凡在生产上已起作用的，多数已有了适当名称。大多根据果实形态、颜色、大小的特征，成熟期或其他经济性状，有时根据产地、历史或人名命名，使人顾名思义有一定的便利。但因中国几千年的小农经济影响，品种分布有很大的区域限制，往往同一名称在不同地区代表着绝然不同的品种，命名混乱情况普遍存在。如‘香水梨’在河北、辽宁属于秋子梨系统中的一个品种，果实小，卵圆形；而在山东则指白梨系统中一个果实大而扁球形的品种。同一品种在不同地区有不同名称，如山西崞县的‘瓶梨’在河北昌黎称‘半斤酥’，河北抚宁称‘侉梨’，而在山东称‘兔头梨’。同名异物、同物异名的混乱现象很严重。除了应在调查研究基础上整理公布统一外，今后登记命名果树新品种时注意避免名称重复。名称力求能表现品种特征，并与品种系统或品种群组相符合。从国外引进的品种，尽量保留原有名称，并给予适当的中文译名。
根据国际栽培植物命名法则，栽培植物命名分为三级，即属名、种名和栽培品种名。属名和种名的制定全部按照一般国际植物命名法则的原则。品种名称可以用现代语命名，不必用拉丁语。国际间发表新品种时，名称使用任何国家文字均属有效，不必有拉丁文，但建议应在文末附有英、法、德、俄或西班牙语摘要，以广流传。品种名称放在植物拉丁学名之后可加cv.符号（栽培品种的缩写）或用单引号表示，首字用大写。如‘国光’苹果的品种学名写作.Ralls，或‘巴梨’的品种学名写作‘’等均可。
果树风害
见果园防护林。