菠萝有两个重要的野生种和一个栽培种，野生种抗性强，在育种上不容忽视。
1.红色菠萝
野生种。植株健壮，根系发达，果瘦长顶尖，较野菠萝大，果心小，肉浅黄至白色，纤维多，糖酸含量中等；多顶芽，近果基部生托芽。抗凋萎、心腐及根腐病。
2.野菠萝
野生种。植株强壮，果肉糖酸含量高，有香味，风味好。耐寒、耐湿，抗线虫、凋萎、心腐及根腐病。果心很小，芽苗少，繁殖系数低。
3.菠萝栽培种
经济栽培仅此种。菠萝栽培品种很少，世界上只有60～70个，其中还有不少同物异名的。中国约有以下五类。
（1）卡因类（）
又名沙捞越，法国探险队在南美洲圭亚那卡因地区发现而得名。为栽培最广的商品品种，约占世界栽培面积80%。植株高大、健壮，叶长而宽，叶多，叶缘无刺或仅近叶尖及叶基部有刺；果大，平均重1kg以上；小果扁平，果丁浅，苞片短而宽；果肉淡黄，汁多，含酸0.5%～0.9%，可溶性固形物12%～16%。为制罐头的主要品种。分蘖力弱。代表品种有无刺卡因（），栽培较多的还有沙捞越（）、希路（Hilo），安维尔（）、乐乔（）、BB、密错尔（）等。
（2）皇后类（）
最古老栽培品种，有400多年栽培历史[52石斛网www.52shihu.com]，为南非、中国、越南等地主要品种之一。植株中等大小，叶比卡因短，叶缘有刺，极少数无刺；果圆筒形或圆锥形，单果重0.4～1.5kg，小果锥状突起，果丁深，苞片尖端超过小果；果肉黄至深黄色，肉质脆嫩，含糖量高，汁多味甜，香味浓郁，以鲜食为主，吸芽多。代表品种如金皇后（）、巴厘（）、神湾（）、鲁比（Ruby）、阿巴奇（）、埃及皇后（）等。
（3）西班牙类（）
植株较大，叶较软、黄绿色，叶缘有红色刺，亦有无刺品种；果中等大、重0.5～1kg，小果大而扁平，间有中部凹陷者，苞片基部瘤状突起；果肉淡黄至金黄，含酸量高，味香浓，纤维多，供制罐头和果汁，托芽多。代表品种有红西班牙（）、血种（Blood）、蒙得勒特（）、黑牙买加（）、埃伯王子（）等。
（4）波多黎各类（）
三倍体（3n=75）。植株高大健壮，叶缘有刺；果巨大、锥形，小果排列不整齐；果肉淡黄或淡黄白，香味浓，汁多风味佳，纤维多。只有卡比宋纳（）一个品种。
（5）其他类
包括巴西广泛栽培的以及育种者培育的一些新品种和类型，如台农4号、、3136、南园5号、4312等。