莼菜跟睡莲是两种不同的植物。
一、外观不同
1、莼菜
多年生水生草本，花两性，须根系，主要分布在土层；根状茎具叶及匍匐枝，后者在节部生根，并生具叶枝条及其它匍匐枝。叶椭圆状矩圆形，长3.5-6厘米，宽5-10厘米，下面蓝绿色，两面无毛，从叶脉处皱缩；叶柄长25-40厘米，和花梗均有柔毛。
花直径1-2厘米，暗紫色；花梗长6-10厘米；萼片及花瓣条形，长1-1.5厘米，先端圆钝；花药条形，约长4毫米；心皮条形，具微柔毛。坚果矩圆卵形，有3个或更多成熟心皮；种子1-2，卵形。花期6月，果期10-11月。
2、睡莲
多年生水生草本；根状茎肥厚。叶柄圆柱形，细长。叶椭圆形，浮生于水面，全缘，叶基心形，叶表面浓绿，背面暗紫。叶二型：浮水叶圆形或卵形，基部具弯缺，心形或箭形，常无出水叶；沉水叶薄膜质，脆弱。
花单生，浮于或挺出水面；花萼四枚，绿色；花瓣通常八片。果实倒卵形，长约3厘米。花大形、美丽，浮在或高出水面，白天开花夜间闭合；萼片近离生；花瓣白色、蓝色、黄色或粉红色，成多轮，有时内轮渐变成雄蕊；药隔有或无附属物。
心皮环状，贴生且半沉没在肉质杯状花托，且在下部与其部分地愈合，上部延伸成花柱，柱头成凹入柱头盘，胚珠倒生，垂生在子房内壁。浆果海绵质，不规则开裂，在水面下成熟；种子坚硬，为胶质物包裹，有肉质杯状假种皮，胚小，有少量内胚乳及丰富外胚乳。
二、生长习性不同
1、莼菜
生于池塘湖沼。嫩茎叶作蔬菜。中国黄河以南、湖北西部利川及重庆市石柱县所有沼泽池塘都有生长，在江苏的太湖（还是“太湖八仙”之一），苏北的高宝湖，尤其以湖北省利川市福宝山莼菜出口韩国、日本等国。
杭州的西湖和雷波县的马湖，湖北省利川市和重庆石柱县黄水镇等地生产的莼菜闻名于世。采其尚未透露出水面的嫩叶食用，是一种地方名菜，古人所谓"莼鲈风味"中的"莼"，就是指的这个菜，亦作药用。
莼菜生长适温为20～30℃，水质清洁、土壤肥沃、水深20～60cm的水域中生长好，水面温度达40℃时生长缓慢，气温低于15℃时生长逐渐停止，同化产物向茎中贮运，休眠芽形成。遇霜冻则叶片和部分水中茎枯死，以地下茎和留存的水中茎越冬。
2、睡莲
睡莲喜阳光，通风良好，所以白天开花的热带和耐寒睡莲在晚上花朵会闭合，到早上又会张开。在岸边有树荫的池塘，虽能开花，但生长较弱。对土质要求不严，pH值6~8，均可正常生长，最适水深25~30cm，最深不得超过80cm。
喜富含有机质的壤土。3~4月萌发长叶，5~8月陆续开花，每朵花开2~5天。花后结实。10~11月茎叶枯萎。翌年春季又重新萌发。
在长江流域3月下旬至4月上旬萌发，4月下旬或5月上旬孕蕾，6~8月为盛花期，10~11月为黄叶期[52石斛网www.52shihu.com]，11月后进入休眠期。生于池沼、湖泊中，一些公园的水池中常有栽培。
三、地理分布不同
1、莼菜
莼菜原广泛分布在北半球的许多地区，现主要分布在中国、日本、印度、澳大利亚、北美、加拿大等地，大洋洲东部及非洲西部均有分布。是在中国主要分布在云南、四川、湖南、湖北、江西、浙江和江苏七省，在北纬30°以南地区分布广泛。
2、睡莲
睡莲大部分原产北非和东南亚热带地区，少数产于南非、欧洲和亚洲的温带和寒带地区，日本、朝鲜、印度、前苏联、西伯利亚及欧洲等地。美国也有。国内分布云南至东北，西至新疆。各省区均有栽培。