微生物肥料的主要功效是调理土壤、恢复土壤生态平衡、促进植物根系的发育。只要我们能知道植物根系的重要性，就能知道微生物肥料的重要性。
微生物菌肥内含的多种功能性微生物菌进入土壤后，有益菌在繁殖过程中，分泌大量氨基酸，有机酸和无机酸充分溶解土壤固定的磷、钾和微量元素，并快速分解有机质，使无效养分转化成有效的养分，被植物再吸收利用，有益微生物通过光和热能源把空气中的氮固定下来被植物吸收利用，提高肥效减少化肥的用量。有益菌在生长繁殖过程中产生大量的次生代谢产物，这些产物能够促进土壤团粒结构的形成。团粒结构的形成能使土壤变得疏松、绵软，保水保肥性能增强，水、气、热更加协调，消除了土壤板结[52石斛网www.52shihu.com]，有利于保水、保肥、通气和促进根系发展，为农作物提供舒适的生长环境。土壤理化性状的改善，加强了土壤有益微生物的活动，从而最大限度促使有机物分解转化，产生多种营养物质和刺激性物质，促进作物快速生长。功能性微生物菌在作物根系周围形成优势种群，抑制或拮抗有害病原菌的生长繁殖，有效预防了作物病害的发生，最大限度地阻断土传病害，恢复土壤生态平衡，使土壤更加适宜作物生长，最终达到增产增收的目的。