马蔺在5月下旬至6月上旬开花，5月底至6月初为盛花期。花期长达1个多月，一花谢后它花继开，有“小皮球，用脚踢，马蔺开花二十一”的童谣。开花从早晨5时持续到21时，其余时间不开花。一天之内开花高峰在11～15时，一朵花开花的持续时间平均60.1h。花蓝紫色，大而鲜艳。同一株的花由下而上逐次开放。马蔺为自花授粉植物，开花后6～10d结果，果实经50d左右成熟，成熟期30d以上。从花谢到种子成熟约需60～70d。成熟时蒴果由绿变黄，再由黄变黑，干硬而不易开裂。一个蒴果含有种子15～80粒，而全株丛可有种子数百至上千粒[52石斛网www.52shihu.com]，种子在蒴果中经常一冬不脱落。种子几乎全部为硬实，不经处理不能发芽出苗。种子生活力很强，据观察在35℃高温下土培40d之后不会丧失发芽力。在室温下未发芽的种子在湿土中埋藏半年之久不粉种、不霉烂，遇适宜的条件仍可发芽。储藏5年的种子，随着储藏时间的延长，发芽率不仅不降低，反而增高。说明马蔺种子的生活力强，寿命长。
马蔺具备有性和无性两种繁殖方式。一棵老龄健壮的马蔺根颈可有顶芽数个至数十个，能自行解体，各自独立发育，这是分株繁殖、扩大栽培面积的主要措施之一。分株栽培成活率高，成苗快，种植效果也好。