主要区别是，品种不同、形态特征不同、生境分布不同，具体如下：
一、品种不同
1、砂仁
砂仁，是姜科、豆寇属、砂仁种。
2、壳砂
壳砂，是姜科、豆寇属、春砂仁种。
二、形态特征不同
1、砂仁
株高1。5-3米，茎散生，根茎匍匐地面，节上被褐色膜质鳞片。中部叶片长披针形，穗状花序椭圆形，总花梗长4-8厘米，基部具二个紫色的痂状斑，具瓣柄，花丝长5-6毫米，花药长约6毫米，药隔附属体三裂，顶端裂片半圆形，两侧耳状，宽约2毫米，腺体2枚，圆柱形，长3。5毫米，子房被白色柔毛。
蒴果椭圆形，成熟时呈紫红色，干后呈褐色，表面被不分裂或分裂的柔刺；种子为多角形，有浓郁的香气，花期5-6月[52石斛网www.52shihu.com]，果期：8-9月。
2、壳砂
株高1。5-2。5m。具直立茎和匍匐茎。叶互生，排二列，叶片披针形。穗状花序从匍匐茎节上抽出，花白色。雄蕊3枚，其中2枚退化。雌蕊1枚，位于雄蕊药室隔沟中，花柱细长，柱头呈杯状，位于雄蕊上。子房下位，胚珠多数。蒴果椭圆形或球形，熟时红褐色，具柔刺。种子为不规则多面体，熟时黑褐色，有光泽。花期4-6月、果期6-8月。
三、 生境分布不同
1、砂仁
分布于中国福建、广东、广西和云南。栽培或野生于山地荫湿之处。喜热带南亚热带季雨林温暖湿润气候，不耐寒，能耐暂短低温，-3℃受冻死亡。生产区年平均气温19-22℃；水量在1000毫米以上，空气相对温度在90℃以上，怕干旱，忌水涝。
2、壳砂
主要分布或栽培于中国广东、广西、云南和福建省(自治区)，主产广东省阳春、信宜、高州等县。喜高温、湿润气候，遇短期1-3℃低温或霜冻，地上部易受冻害死亡。花期适温为24-28℃，空气相对湿度为76-96%，属热带亚热带半阴性植物。
参考资料来源：百度百科-砂仁
参考资料来源：百度百科-壳砂