种子颜色和形状对食用干豆粒的普通菜豆更有意义。
有些国家甚至根据菜豆种子的皮色来选择自己喜欢吃的种粒，巴西、墨西哥、萨尔瓦多和委内瑞拉喜欢黑色；哥伦比亚和洪都拉斯喜欢红色，秘鲁爱黄色，智利钟情白色。
菜豆有许多名称，有些则和种子的颜色、形状有关。
菜豆的英文名称有意为肾形或腰子豆；Navy藏青色，Pinto有杂色斑点的，Wax蜡黄色的。
M.Evans称菜豆种子有5个颜色组，即白色、黑色、红色、黄褐色和褐色，还有，在这些底色上再加上各种斑点条纹图案的杂色。
其实菜豆种皮的颜色远不止于5个颜色组。
例如还有紫色、绿色、灰色、蓝色、粉色等。
菜豆种子的形状也是多种多样的，大体上有肾形、圆形、椭圆形、筒形、方形和不规则形。
多花菜豆的种子有白色、黑色、紫底黑花纹或黑底紫花纹斑。
种子形状有宽肾形或宽椭圆形。
莱豆种子有白色、褐色或有花斑，种子椭圆形、肾形等。
莱豆种以下的分类中，通常认为有4个组群，其主要的不同是种子的颜色和大小。
①爪哇豆[52石斛网www.52shihu.com]，种子中等，浅红到红到黑；②红色仰光豆，种子小，浅红，饱满，偶尔有紫色斑点；③白色仰光豆，又称白色缅甸豆，又叫小白粒，种子饱满，似小菜豆种子；④利马豆，种子大粒，白色。
根据种子的颜色、形状可将菜豆属内的几个栽培种分成很多类型。