一、性质不同
1、筋骨草性质：黄芩属植物。
2、伸筋草性质：石松科植物石松的干燥全草。
二、产地不同
1、筋骨草产地：产吉林，河北，山东，河南，陕西，浙江等地；生于海拔600—1800米间的石坡、潮湿谷地或林下。
2、伸筋草产地：生于疏林下荫蔽处。分布东北、华东、华南、西南及内蒙古、河南等地。主产浙江、湖北、江苏等地，湖南、四川亦产。
三、特性不同
1、筋骨草特性：花对生，排列成顶生长4。5-11。5厘米的总状花序；花约2。5毫米长，在花序轴顶上密被白色茸毛覆盖；苞片除花序上的上部和下部的一对大的叶外小，狭披针形，长3-7毫米，宽1-2毫米，全，稀疏覆盖。
短柔毛的。花萼开花时长约3毫米，结果时长4毫米，密被短柔毛，黄芩开花时高1。5毫米，结果时高4毫米。
2、伸筋草特性：干燥匍匐茎细长而弯曲，黄色或黄绿色，长厘米，直径1-3毫米。它是灵活的，不容易打破。破碎的表面几乎是白色的，里面有黄色和白色的木芯。黄色和白色的根经常从近直角处看到[52石斛网www.52shihu.com]，皮肤经常脱落。直立茎2分枝。
鳞片叶通常皱曲，浓密在茎上，线形或线形钻形，黄绿色或黄色，无毛，稍有光泽。叶尖渐尖，芒状，整片叶不明显。又薄又脆弱。没有气，味道淡。最好有长茎和黄绿色的茎。
参考资料来源：百度百科-伸筋草
参考资料来源：百度百科-京黄芩