青木瓜的籽未成熟是白色的，成熟木瓜的籽是黑褐色的。一般人购买木瓜，都是吃肉弃籽。在日常生活中，极少有直接利用木瓜籽的。可以说，木瓜籽不能吃。
木瓜籽有它的多种用途，可以入药，并可加工成化妆品。另外，木瓜籽含有木瓜酵素会让鲜肉软化，但市场上已经有经过提炼的“嫩肉粉”出售，使用起来比用木瓜籽方便得多。
炒着吃，富含锌或者将木瓜子进行深化提取，做美容养颜护肤品。
木瓜芦荟酒
材料：
芦荟鲜叶1千克、木瓜子数粒、米酒1.8千克、砂糖50克
做法：
选用芦荟鲜叶洗净，切细。将木瓜子切破。将其放入容器，加入砂糖和酒，瓶口密封保存1个月，将果实取出，再放2周~3周。如果多放点木瓜子，对低血压症特别有效。这种酒特别有利于低血压者饮用。
木瓜是药食具佳的瓜果，中医认为木瓜味甘、平，有补脾、益胃、催乳、消食、驱虫的效用，可用于脾胃虚弱、食欲不振、消化不良、饮食积滞、产后缺乳、脘腹疼痛、驱除绦虫、蛔虫等病症。
清心润肺可炖食，冰糖炖木瓜可清心润肺，医治喉炎等疾患。
延年益寿木瓜在中国还有“万寿果”之称，多吃可延年益寿。
呵护秀发以木瓜煎汤洗发，可增加头发的光泽。《太平圣惠方》中记载：用木瓜浸油梳头，可治“发槁不泽”。
木瓜洗脚可治脚气水肿。有一个有趣的故事：安徽广德有个叫顾安中的人，患严重的脚气，筋急腿肿，不能行走，只好乘船回家。在船行水中，他愁眉不展。心烦所至，无意中将两脚搁在一包装货的麻袋上。下船时，他竟发现自己肿胀的腿已减轻，疼痛已消失。他十分惊奇，急忙问船家袋中装的是何物？船家答是木瓜。顾安中回家后，即买来木瓜切片盛于袋中，每日将脚搁在上面，不久，他患的脚气肿病就痊愈了。这一记载说明了木瓜治疗风湿痹痛确有效验。
贴敷外痔木瓜还可用来贴敷外痔。
减轻溃疡若以木瓜汁擦在溃疡皮肤上，可以使溃疡面加速愈合。
现代医学还发现，木瓜中含有番木瓜碱，有麻醉中枢和抗阿米巴痢疾、抗肿瘤、抗菌和抗寄生虫病等作用，对腓肠肌痉挛有明显的治疗作用，还具有抗淋巴性白血病之功。
食用木瓜还有利于肠胃消化吸收。当您在宴席上[52石斛网www.52shihu.com]，或在家庭用餐时，多食了些蛋类、肉类、牛奶，以及一些不易消化食物时，胃肠感到不舒适，吃些番木瓜后，胃肠不舒适状况就会消失，个中原因就是番木瓜中的蛋白消化酶在起作用，这种酶素能消化蛋白，有利于人体对食物进行消化和吸收，因此有健脾消食之功。还有，吃了太多的肉食，脂肪会堆积在下半身，这时，吃些木瓜后，木瓜里的酵素，会帮助分解肉食，减低胃肠的工作量，让肉感的双腿慢慢变得更具骨感。
木瓜有均衡、强化青少年和孕妇期的荷尔蒙的生理代谢平衡，减轻脸部黑斑、色斑、青春豆的产生，可淡化已生成的色斑、黑斑、润肤养颜。
在切木瓜的时候，通常里面的黑色的籽有苦味，大家都是顺手往垃圾桶一丢。其实这些黑色的籽有很大的妙用。把籽取出，然后在腌牛肉的时候，将牛肉平放，腌入酱汁里，然后上面铺一层木瓜籽，这样就把牛肉、酱汁、木瓜籽一起腌到入味，此时木瓜籽里天然的木瓜酵素就会发挥让牛肉软化的作用。腌好后，将牛肉取出，轻轻拨掉上面的木瓜籽，切记不要再将牛肉洗过，因为木瓜籽是干净没有污染又稍带甜味的，此时就可准备用牛肉做出好吃的料理了。