球茎采收后到第二年萌芽前为休眠期，生理代谢缓慢，只要将贮藏温度控制在7～12℃，相对湿度控制在50%～60%便可防止受冻，又可防止提早萌芽。具体贮藏方法有
（1）田间贮藏法
慈姑球茎成熟、地上部植株枯死后，齐地面割除茎叶，每隔3～5行在原栽植行间挖一条30厘米宽深的沟，所挖出的土覆于畦面，开沟可排除积水，防止球茎腐烂，覆土可以防冻，并保持土壤湿润，如遇冬旱，在田面适当浇水。贮藏期间可根据市场需要陆续采收，可保持球茎新鲜，品质不变，必要时还可在田面栽植过冬菜。
（2）堆藏法
此法在室内、外均可应用。露地贮藏时，应选地势高爽而又背阳处，用砖砌成池，深1米左右，池底先铺一层干净细沙，厚5厘米左右，后放入球茎，厚约3～4厘米，盖一层7～8厘米半干半湿的细沙或细土，再放一层球茎，这样堆至离池口10厘米左右时覆土，使顶呈馒头状，并在四周挖排水沟[52石斛网www.52shihu.com]，在顶部盖上薄膜，用砖压好，防雨水渗入。室内堆藏，可选室温比较稳定，无阳光直射，贮藏期可保持7～10℃的屋角，用砖码成围框，然后按屋外堆藏一样的方法在围框内堆藏。
（3）窖藏法
选地势高燥、排水良好处，挖一地窖，窖深50～60厘米，窖口直径60～70厘米，拍实窖底和四周，先在窖底铺6～8厘米厚的干净稻草，然后将慈姑球茎或其顶芽与半干半湿的细土或河沙拌和，倒入窖中贮藏，也可一层球茎、一层细土或河沙，层层相间，贮至近窖口6厘米为止，上盖一层干净稻草，再用干土盖严，厚约20～30厘米，使土面呈馒头形，并拍实，防止雨水渗入。
以上不论何种贮藏法，贮藏前必须检查剔除挖破的球茎，并须摊晾至球茎表面干燥后才可入贮。贮藏期间定期检查，如有意外，及时处理。